مسجد مدرسه سلطاني کاشان که به نام مسجد امام خمینی نیز خوانده می شود از بناهای تاریخی مربوط به دوره فتحعلی شاه قاجار است که در حدود سالهای 1221 تا 1229 هجری قمری در جوار بازار تاریخی کاشان برای تدریس علوم دینی احداث شده و در بدوامر، تولیت و تصدی موقوفات آن به ملااحمد نراقی واگذار گردید.

این بنا در زمینی به وسعت بالغ بر 6300 متر مربع ساخته شده و مشتمل است بر صحن و حیاط مرکزی بسیار وسیع با آبنما و باغچه‌ها و درختان کاج و سرو بلند که در چهار جانب آن 52 حجره برای سکونت طلاب و دو تالار بزرگ تدریس و شبستان مسجد با گنبد آجری بسیار بزرگ و مرتفعی با فرم معروف به چهار ایوانی قرار گرفته‌اند. همچنین دوحیاط خلوت با حجره و سرداب و بادگیر، آبریزگاه و سرویس‌های بهداشتی قدیمی و یک آب انبار از دیگر قسمت‌های این بنا هستند.

گنبد باشکوه این بنا با دو پوشش آجری مضاعف بنا شده و ارتفاع نوک گنبد تا سطح حیاط 25 متر می‌باشد.

بدنه‌های حیاط به ویژه ایوان و داخل مسجد با انواع کاشی کاری هفت رنگ و کتیبه‌های متنوع و متعدد تزیین شده‌است.

این بنای ارزشمند در تاریخ ۱۳۱۵/۰۳/۳۰ به شماره ۲۵۱ در فهرست آثار ملی به ثبت رسیده‌است.