آورده‌اند که مناره زین الدین بدستور خواجه زین‌الدین، برادر خواجه عماد‌الدین محمود ( توسعه دهنده مسجد میر عماد و بناهای میدان سنگ) در دوره جهانشاه قراقویونلوی در نیمه دوم قرن نهم هجری قمری ساخته شده است. وی ظاهرا در کنار مناره زین الدین خانقاهی نیز بنا کرده بود که امروزه چیزی از آن باقی نمانده و به جای آن مسجدی احداث کرده‌اند.


مهندس محمدحسن محبعلی معاون سابق سازمان میراث فرهنگی و مشاور طرح مطالعات، مستندسازی و طرح حفاظت و مرمت مناره زین‌الدین در سال ۱۳۹۱ ‌اعلام کرد مطالعات و تحقیقات انجام گرفته و مقایسه و تشابه تاریخی مناره زین الدین با ۵ مناره دوره سلجوقی در کشور بیانگر این است که قدمت مناره زین الدین به قرن پنجم و دوره سلجوقی( بیش از ۳۰۰ سال قبل‌تر) می‌رسد.


مناره زین الدین کاشان برای دیده بانی، هدایت و راهنمایی کاروان‌های تجاری که از مسیر کاشان تردد داشته اند مورد استفاده قرار داشته است.


مناره آجری زین الدین، با ارتفاعی بالغ بر ٤۰ متر، یکی از بلندترین مناره های شهر کاشان بوده، به نحوی که از دید هیچ مسافری که از دور به شهر نزدیک می شده، مخفی نمانده است ولی در حال حاضر ارتفاع آن از سطح خیابان ۲۲ متر می باشد که در خیابان ملا حبیب الله شریف( دروازه اصفهان) قابل رویت است.

اوایل قرن گذشته به دستور شهردار وقت کاشان و با پرداخت مبلغی معادل یک هزار تومان به معمار خبره‌ای به نام حاج حسینعلی معمار، حدود حدود ۲۰ متر از ارتفاع این مناره باشکوه و مرتفع، که از حالت شاقولی خارج و مایل شده بود، برای جلوگیری از ریزش ناگهانی تخریب شد.

در متون جهانگردان دوره قاجار و در تصاویر قدیمی که از برج به جا مانده است مشخص است که حداقل از دوره قاجار به بعد این مناره کاملا کج بوده است و محتمل ترین علت آن می تواند تاثیر زلزله شدید سال ۱۱۹۲ هجری قمری در دوره زندیه باشد.

این اثر، در تاریخ ۱۵ دی ۱۳۱۰، با شماره ۱۱۸، به عنوان یکی از آثار ملی ایران، به ثبت رسیده‌است.